Na terenie zarządzanym przez Nadleśnictwo Gdańsk znajduje się 10 zbiorników retencyjnych, o łącznej powierzchni  ok. 1,57 ha.  Część z tych obiektów powstała w ramach ogólnopolskiego projektu zarządzanego przez Centrum Koordynacji Projektów Środowiskowych Lasów Państwowych, pn.: „Zwiększanie możliwości retencyjnych oraz przeciwdziałanie powodzi i suszy w ekosystemach leśnych na terenach nizinnych”. Projekt ten, dofinansowany z funduszy unijnych w ramach III priorytetu Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko, realizowany był w latach 2007-2015. Dzięki temu projektowi, w Nadleśnictwie Gdańsk powstało 6 zbiorników wraz z groblami i przepustami, zlokalizowanych na potokach w leśnictwach Renuszewo (na Potoku Rynarzewskim) i w leśnictwie Biała (na Cedronie). Ich koszt wyniósł łącznie ponad 233 tys. zł. Pozostałe zbiorniki, w leśnictwie Wyspowo, zostały utworzone z funduszy własnych nadleśnictwa (ok. 100 tys. zł).

W chwili obecnej Nadleśnictwo Gdańsk przygotowuje się do kolejnych inwestycji mających na celu zwiększenie liczby obiektów retencjujących wodę w kompleksach leśnych. Na zlecenie nadleśnictwa powstaje koncepcja retencji ograniczającej gwałtowne odpływy wód po ulewnych deszczach w lasach nadleśnictwa, na obszarze zlewni Potoku Oliwskiego i Strzyży. Jest to kontynuacja wewnętrznych opracowań nadleśnictwa dotyczących wytycznych zagospodarowania zlewni Potoku Oliwskiego i Demptowskiego, przygotowywanych zgodnie z decyzjami Nadleśniczego Nadleśnictwa Gdańsk z 2018 r. Zagadnienie to jest istotne z uwagi na fakt, że lasy zarządzane przez nadleśnictwo znajdują się obecnie pomiędzy dwoma fragmentami aglomeracji gdańskiej – jej górnym i dolnym tarasem. Zabudowywanie Górnego Tarasu Gdańska, a jednocześnie duże spadki wysokości i liczne doliny w strefie wzgórz morenowych porośniętych lasami powodują, że w przypadku nawalnych deszczy kompleks leśny nie jest w stanie zatrzymać spływającej wody, która powoduje okresowe podtopienia w dolnej części miasta. Opracowywana koncepcja zawierać będzie wskazania miejsc i sposobów zmniejszania tego typu niekorzystnych zjawisk, a jednocześnie zwiększania możliwości retencyjnych obszarów leśnych. Realizacja założonych celów prowadzona będzie we współpracy z miastem Gdańsk i Wodami Gdańskimi. 

Nadleśnictwo Gdańsk bierze również udział w prowadzonych konsultacjach dotyczących zagadnień retencji wodnej. W 2016 r., z inicjatywy ówczesnego Prezydenta Miasta Gdańska, Pawła Adamowicza, odbył się I Panel Obywatelski, poświęcony m.in. możliwościom większego zatrzymywania wody deszczowej na terenie Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego. Nadleśnictwo było jedną z instytucji, biorących udział w Panelu, a rekomendacje, które pojawiły się w podsumowaniu spotkania, zostały uwzględnione w późniejszych zarządzeniach Nadleśniczego Nadleśnictwa Gdańsk, dotyczących zasad zagospodarowania terenów leśnych Nadleśnictwa Gdańsk ograniczających szybki spływ wód opadowych i poprawiających bilans wodny zlewni oraz zagospodarowania obszarów funkcjonalnych wyznaczonych na terenie nadleśnictwa. Kolejne spotkanie poświęcone zagadnieniom retencji w lasach miało miejsce w listopadzie 2019 r. w ramach zebrań Rady Naukowo-Społecznej Leśnego Kompleksu Promocyjnego „Lasy Oliwsko-Darżlubskie”, którego częścią są tereny Nadleśnictwa Gdańsk.

Niezwykle istotne w retencjonowaniu wody przez ekosystemy leśne jest zachowanie dobrego stanu tzw. siedlisk hydrogenicznych (m.in. zabagnień, zatorfień, obszarów źródliskowych). Na terenie Nadleśnictwa Gdańsk siedliska te stanowią niewielki odsetek ­- ok.  3% całej powierzchni. Kolejny procent zajmują zbiorniki wodne oraz cieki. Część z tych obszarów objęta jest ochroną prawną, w formie rezerwatów lub użytków ekologicznych, pozostałe znajdują się w obrębie lasów gospodarczych. Nadleśnictwo planuje kolejne działania mające poprawić warunki wodne siedlisk hydrogenicznych. W tym celu zgłosiło swój akces do przygotowywanego projektu LIFE+ dotyczącego czynnej ochrony siedlisk i gatunków związanych z wodą w Europie Środkowej. W ramach projektu dofinansowywanego ze środków unijnych, w którym udział zadeklarowało kilkanaście instytucji, nadleśnictwo planuje budowę lub odtworzenie 31 progów i zastawek na potokach i ich dopływach. Pozwoli to spiętrzyć wodę w dolinach cieków, zwłaszcza na odcinkach, gdzie występują zabagnienia i źródliska. Do budowy wykorzystane zostaną naturalne materiały, głównie drewno i kamień. Ponadto utworzonych lub odtworzonych zostanie 21 niewielkich zbiorników retencyjnych, a także w 11 miejscach zablokowany zostanie odpływ wody z lasu. Projekt planowany jest na lata 2021-2026. Łączny planowany koszt przedsięwzięcia to ponad 3 mln zł.

Zwiększanie możliwości retencjonowania wody przez ekosystemy leśne to także szereg działań podejmowanych równolegle z prowadzoną gospodarką leśną. Zgodne z obowiązującym Zarządzeniem Nadleśniczego Nadleśnictwa Gdańsk, dotyczącym zasad zagospodarowania terenów leśnych nadleśnictwa ograniczających szybki odpływ wód opadowych i poprawiających bilans wodny zlewni, w trakcie zabiegów gospodarczych stosuje się cięcia częściowe i przerębowe (punktowe usuwanie drzew zamiast jednoczesnego odsłaniania większej powierzchni), z pozostawianiem przestoi drzew, tak aby maksymalnie zmniejszyć odsłanianą powierzchnię. Dodatkowo na szlakach gospodarczych, które mogą działać jak rynny erozyjne dla spływających wód powierzchniowych, wykonuje się poprzeczne spusty i przegłębienia przekierowujące wody ze szlaku gospodarczego w bok, do  sąsiadującego drzewostanu. Niezwykle istotne jest również maksymalne zwiększenie odnowienia drzewostanów w sposób naturalny oraz dążenie do powstawania drzewostanów mieszanych, wielowarstwowych i różnowiekowych, zgodnych z występującymi w danym miejscu warunkami środowiskowymi. Takie zróżnicowane lasy mają większe możliwości zatrzymywania wody. W Nadleśnictwie Gdańsk wykorzystanie spontanicznie pojawiającego się odnowienia drzew stanowi 90% wszystkich odnowień.

Kolejnym działaniem poprawiającym możliwości retencyjne lasów jest pozostawianie około 10% powierzchni użytkowanego drzewostanu w formie kęp do naturalnego rozpadu, a dodatkowo pozostawianie w lasach sporych ilości martwego drewna. Zalegające na zboczach, powalone pnie oraz gałęzie spowalniają spływ powierzchniowy wód, a po częściowym rozłożeniu również same magazynują wodę. Takie same kłody pozostawione w dolinach cieków spowalniają przepływ wody, przyczyniając się do lokalnego spiętrzenia i zatrzymywania wody w lesie. Ma to duże znaczenie również dla występujących w dolinach rzek i potoków roślin i zwierząt. Korzyści z takich działań można obserwować chociażby w dolinie Zagórskiej Strugi, nad Cedronem, w dolinie Cisowskiej Strugi oraz wielu innych potokach trójmiejskich lasów.